Les deux premières académies rurales anglo-protestantes du Bas-Canada furent établies en 1829. En 1890, quelque vingt académies anglo-protestantes avaient été intégrées dans un système scolaire secondaire. Durant cette période, l’État exerça un rôle croissant dans le développement social et économique du Bas-Canada. L’un des domaines où il étendit son autorité fut celui de l’éducation. C’est ainsi que les écoles protestantes « indépendantes » qui étaient connues sous une variété de noms et qui offraient une multitude de programmes devinrent des maisons d’enseignement public soumises à des règlements spécifiques concernant le programme d’études, la certification des maîtres et la répartition des octrois gouvernementaux. Comme le démontre le cas des académies anglo-protestantes les écoles [non] éligibles aux fonds publics n’échappèrent pas à ce courant centralisateur. Établi à l'aide de fonds publics et privés et administrées de façon autonome jusqu'en 1856, ces académies ne purent toutefois continuer à recevoir le secours de l’État sans se plier aux politiques scolaires gouvernementales.
Détenant les cordons de la bourse, l’État accrut ainsi son contrôle sur les académies rurales protestantes en quête de subventions. Pour être éligible aux fonds publics, elles durent prouver que leur enseignement était « supérieur » à celui dispensé dans les écoles communes. De plus, à partir de 1869, elles durent se partager des octrois répartis d’après le chiffre de la population anglo-protestante du Québec. Après 1875, le Comité protestant du Conseil de l’Instruction publique, sous la juridiction duquel tombait maintenant l’enseignement protestant au Québec, réduisit davantage l’autonomie des académies. Une série de règlements les obligea à n’employer que les maîtres munis d’un diplôme d’école normale et à dispenser le programme scolaire officiel, sous peine de se voir refuser les subventions votées à leur intention. Bref, en 1890, les académies protestantes constituaient maintenant le pilier d’un système scolaire secondaire public.
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